Cały półwysep intensywnie fortyfikowano, wykorzystując doświadczenia z 1939 roku w pobliżu Chałup zrobiono przekop półwyspu - rów parometrowej szerokości, ciągnący się od morza do zatoki. (bądź wykorzystano rów powstały po wybuchu głowic torpedowych w 1939 r.) Na odcinku między Chałupami a Kuźnicą zrobiono zaporę przeciwczołgowa której przedłużenie stanowiły poprzecznie ustawione lokomotywy wchodzące w morze.(fot. z 1948 - obok)

Pod koniec wojny na terenie portu, zagrożonego już wtedy nalotami, rozpoczęto budowę trzy kondygnacyjnego żelbetonowego schronu przeciwlotniczego typu T-750 [Truppenmannschaftsbunkers 750] dla bazujących tu załóg okrętów. Schron miał planowo pomieścić 750 osób chronionych stropem o grubości 350 cm. Miał ściay zewnętrzne o grubości 250 cm, był wyposażony w filtrowentylację, agregaty prądotwórcze i kotłownię. Do końca wojny zdołano wybudować tylko fundamenty oraz parter. Identyczne schrony zachowały się na terenie portu wojennego w Gdyni i Świnoujściu.

W końcu 1945 r. produkcja w stoczniach zmalała ze względu na zbliżający się front, ale rola tego obszaru jako bazy floty byla dalej ogromna. Ponieważ Niemcy planowali nowe ofensywy na początek 1945 roku, a więc utrzymanie tego rejonu było niezwykle ważne. Zgromadzono tu ogromną liczbą okrętów podwodnych i nawodnych, zgromadzono kolosalne ilości sprzętu wojennego.
Rejon Zatoki Gdańskiej był niemal do końca okupacji oazą spokoju - nie było tu bombardowań ze względu na wielkie odległości od baz alianckich.

Jednak alianci aktywnie interesowali sie sytuacją w tym rejonie.
18 grudnia 1944 r. odbył się największy udany nalot RAF, w rejon portów Trójmiasta wysłano m.in. 236 bombowców typu Lancaster. Bombardowania spowodowały wielkie zniszczenia w stoczni Kriegsmarine, w obiektach portowych, uszkodzono liczne okręty w tym trzy bomby trafiły pancernik „Schleswig-Holstein", który nabrał wody i oparł się rufą o dno basenu portowego w Gdyni. (Zatonął ostatecznie 26 XII, a 21 III 1945 został dodatkowo zniszczony przez Niemców ładunkami wybuchowymi)

Nieustannie szły transporty morskie wywożące tysiącami rannych i uciekinierów do Rzeszy.

30 stycznia z Gdyni wypłynął okręt koszarowy Kriegsmarine "Wilhelm Gustloff" z 10,5 tysiącem uciekinierów na pokładzie. - pełna historia Gustloffa - Wsród nich, prócz kobiet, dzieci, rannych i cywilów było także ok. 1000 kadetów i oficerów z II Szkolnego Dywizjonu Okrętów Podwodnych oraz inni wojskowi i działacze partyjni. Korzystając ze złej pogody, kapitan miał nadzieję przemknięcia się na Zachód i ucieczki przed Rosjanami. Wkrótce po minięciu Helu "Gustloff" został mimo bardzo złej pogody zauważony przez radziecki okręt podwodny S-13 ostrzelany czterema torpedami i zatopiony w ciągu zaledwie 50 minut.
Podobno na Gustloffie odebrano tajemniczy (bo nigdy nie udało się ustalić kto go wysłał) komunikat o niemieckich okrętach w pobliżu. Wtedy zapalono światła. Nikt się nie odezwał (bo tak naprawdę nikogo nie było) więc wkrótce zgaszono światła, ale Rosjanie zobaczyli przez chwilę Gustloffa jak na strzelnicy. I nawet pogoda nie mogła tu przeszkodzić....

W tragedii "Gustloffa" zginęło (większość zamarzła w morzu, w kamizelkach ratunkowych) od 5350 do 9343 osób (różne źródła podają różne liczby) - około cztery razy tyle ludzi co na "Titanicu" - niektóre źródła twierdzą, że najwięcej w całej historii światowej żeglugi. Uratowało się ok. 904-1252 (rózne źródła podają różne liczby) osoby. Wrak "Gustloffa" leży do dziś ok. 40 kilometrów na północ od Łeby.

W nocy 10 lutego 1945 zatopiony został dwoma torpedami w ciągu 7 minut "Steuben" (dawniej: General Steuben) załadowany ok. 5.000 rannymi żołnierzami i uciekinierami. Zatopienie przyniosło ok. 3500 ofiar ("trzecie miejsce" na liście największych katastrof morskich). Zatopił go ten sam okręt podwodny S-13 - co Gustloffa i prawie w tym samym miejscu.

16 kwietnia 1945 tuż przed północą statek "Goya" płynący z Helu dostał w jego okolicy dwie torpedy od radzieckiego okrętu podwodnego L-3 (dowódca: kpt Konowałow - prawdopodobnie najwięcej zatopień w całej radzieckiej flocie podwodnej). "Goya" pokładzie miał ok. 7000 ludzi (cywilni uchodźcy i ranni żołnierze). Razem z pięcioma innymi statkami miał popłynąć do Kopenhagi Statek przełamał się i zatonął w 4 minuty. Uratowały się tylko 183 osoby!

3 marca 1945 roku rejon Trójmiasta znalazł się w okrążeniu rosyjskim. Na stosunkowo niewielkim terenie znalazła się kolosalna ilość ludzi i sprzetu, w tym wiele czołgów, oraz malejące zapasy paliwa i amunicji.
Pozostawała tylko obrona do ostatka, lub szukanie ucieczki morzem.
15 marca gauleiter Forster oświadczył publicznie, że zwycięży Rosjan, lub polegnie.
22 marca Rosjanie zajęli Sopot odcinając rejon Gdańska od rejonu Gdyni i Oksywia,
25 marca Hitler ogłosił Oksywie twierdzą, podobnie jak teren Gdańska.
26 marca Gdańsk bronił się w pełnym okrążeniu. Mimo wezwań do poddawania się przeważał wśród Niemców paniczny lęk przed Rosjanami - znane były powszechnie przypadki torturowania i rozstrzeliwania poddających się żołnierzy niemieckich jako odwetu za niemieckie okrucieństwa popełniane zwłaszcza przez oddziały SS

W przeciwieństwie do polskiej obrony w 1939 roku Niemcy mieli potężną artylerię i na morzu i na lądzie, z tym że zapasy amunicji prędko się wyczerpywały, a paliwa do czołgów nie było...
Nowoczesne samoloty rosyjskie niepodzielnie panowały w powietrzu a łodzie podwodne Czerwonej Floty czatowały w rejonie Helu na transporty wypływające z Zatoki.
27 marca resztki Niemców opuściły palący się Gdańsk, uciekając na teren Żuław i tworząc tam ostatni rejon obrony.
28 marca oddziały radzieckie zdobyły Gdynię spychając Niemców na Kępę Oksywską.

30 marca Gdańsk zajęły wojska radzieckie rozstrzeliwując i deportując ludność, rabując i niszcząc ocalałe jeszcze w znacznej części miasto podpaleniami i wysadzeniami.
Szczegółowe informacje są nieliczne.... Pastor Friedrich Reimer z kościoła św.Katarzyny w Głównym Mieście wyszedł do Rosjan w stroju liturgicznym, chcąc ich prosić o oszczędzenie Świątyni i zginął zastrzelony na jej progu...
Opinie historyków i pamiętnikarzy bardzo różnią się co do tego, jaka część Gdańska była spalona w czasie walk, a ile po wyzwoleniu. Wydarzenia te były jeszcze do niedawna okryte mrokiem wstydliwej tajemnicy, teraz pisze się o nich coraz powszechniej......
Oddziały polskie brały aktywny udział w zdobywaniu Gdyni i Oksywia, natomiast do Gdańska już po jego wyzwoleniu, weszła tylko wydzielona w celach propagandowych grupa wojska polskiego.

Po ciężkich walkach, w nocy z 31 na 1 kwietnia Niemcy przewieźli masy uciekinierów z Oksywia na Hel a większość Oksywia zajęli Rosjanie. Hel był zatłoczony ponad granice możliwości, (20-30 tysięcy żołnierzy a także masy uciekinierów cywilnych i obóz jeniecki, niektóre źródła mówią o 140 tys. a nawet 365 tysiącach (!!) ludzi na Helu..) ludzie kopali ziemianki i żywili się resztkami, cały czas trwały silne naloty rosyjskich myśliwców i bombowców, transporty morskie przepełnione uciekinierami były masowo zatapiane w okolicach półwyspu...

4 kwietnia gauleiter Forster przybył promem z Helu na bronioną wciąż Mierzeję Wiślaną, a następnie wywieziono go na Zachód. Nocą z 4 na 5 kwietnia Kriegsmarine przeprowadza gigantyczną ewakuacje morzem na Hel - używając wszelkich dostępnych środków transportu wodnego przewieziono około 30 tysięcy uciekinierów i 10 tysięcy żołnierzy, przy minimalnych stratach własnych.
W celu wyżywienia tak wielkiej ilośći ludzi zbudowano m.in. piekarnie wojskową ukrytą na terenie żelbetowego stanowiska nr.2 byłej baterii Schleswig-Holstein.

6 maja
Ostatni okręt z żołnierzami i uciekinierami na pokładzie odpłynął z Helu.
Na Helu pozostało do kapitulacji ok. 60 tys ludzi - w większości personelu wojskowego.

9 maja 1945 po podpisaniu przez Niemcy aktu bezwzględnej kapitulacji Hel i Mierzeja skapitulowały.

Oprócz niezliczonych jeńców wojennych deportowano na roboty do Rosji kilkanaście tysięcy ludzi, głównie Kaszubów, którzy uważani byli przez władze za Niemców. Z samego Helu deportowano ponoć 25 tysiecy ludzi!! (Dziennik Bałtycki 19 maja 1945)
Miasto Gdynia ucierpiało niewiele, natomiast port i jego urządzenia były zniszczone w znaczącej części, zarówno przez bombardowania alianckie jak i przez ustępujących Niemców.
Port był zablokowany celowo zatopionymi jednostkami jak np. pancernik „Gneisenau” oraz wieloma mniejszymi, baseny portowe wypełnione były wrakami jak np. pancernik „Schleswig–Holstein” stojący na dnie przy tzw. Nabrzeżu Rumuńskim, niemal wszytkie dźwigi i inne obiekty portu, także nabrzeża były zniszczone przez specjalne grupy niemieckich saperów.
Straty niemieckie szacowane są na ok.90.000 poległych i ponad 30.000 wziętych do niewoli. Straty wojsk radzieckich i polskich oszacować dużo trudniej - ukrywano je ze względów propagandowych, ale określa się je nawet na 150.000 poległych i rannych żołnierzy.

Zobacz super ciekawą stronę o walkach o Pomorze Gdańskie w 1945 roku: